作为本次论坛的重头研讨会之一，“农民专业合作组织在社会主义新农村建设中的地位和作用研讨会”在各专题中用时最长，发言者也是最多的。国务院发展研究中心的专家徐小青在发言中，对“公司＋农户”的农产品生产形式提出质疑，他认为，在这种合作中，公司不可能与农民分享利益，因此农民会处于不利地位。徐小青的观点也得到了中国人民大学农业与农村发展学院孔祥智等专家的支持。

　　专家们认为，变“公司+农户”模式为“公司+合作社+农户”模式是较好的办法。这样做，农民和龙头企业都有好处，农民的好处是，合作显示了集体的力量，提高了农户在企业和市场面前讨价还价的能力，形成农户利益的自我保护机制。龙头企业的好处是，通过合作社进行技术培训、原料发放、质量监督、产品收购验级等，管理成本降低了，产品质量也可以更有保证。

　　北京农学院的李华等专家说，《中华人民共和国农民专业合作社法》将于2007年7月1日正式施行，这标志着农民专业合作经济组织进入依法发展的新阶段。发展农民合作经济组织，可以增加组织化收益，提高农民收入，从根本上保障农产品质量安全，真正确立农民在新农村建设中的主体性。

　　专家们建议，政府应加大对农民合作经济组织的扶持。他们建议设立扶持农民专业合作社的专项资金，对合作社在税收上给予最大限度的优惠，为其提供多渠道的资金支持和金融服务，以及提供信息和培训等方面的服务。